Przemysł drobiarski generuje duże ilości odpadów, które w procesie biologicznego przetwarzania stanowią szereg problemów. Ilość odpadów i emisja zanieczyszczeń powstających w czasie chowu i hodowli drobiu zależy od wielkości ferm oraz przyjętych technologii. W procesie chowu i hodowli drobiu wyróżnia się następujące źródła powstawania odpadów:

Pomimo stosowania różnych działań mających na celu utrzymanie odpowiednich warunków zoohigienicznych w obiektach inwentarskich obserwuje się niejednokrotnie obecność szkodników, głównie gryzoni określanych jako szkodniki sanitarne. Do najpopularniejszych gatunków, z którymi borykają się hodowcy należą : szczur wędrowny, szczur śniady, oraz mysz polna. Gryzonie bardzo szybko przystosowują się do warunków środowiska, w których się pojawiają. Najczęściej można je spotkać w zaciemnionych miejscach na fermie, w szczelinach budynków inwentarskich, magazynach, a nawet w rurociągach i zbiornikach wodnych.

Amoniak jest bezbarwnym gazem, o odczynie zasadowym produkowanym przez bakterie rozkładające substancje organiczne zawierające azot. Głównym źródłem amoniaku na świecie i w kraju jest rolnictwo. Ponad 70% emisji tego gazu pochodzi z odchodów zwierzęcych. Amoniak to najczęściej występująca domieszka gazowa w powietrzu w pomieszczeniach drobiarskich, niezależnie  od tego czy są one przeznaczone dla dużych stad, czy też dla niewielkiej liczby drobiu. Powstaje wtedy, gdy ściółka ma wilgotność od 17 do 19%, przy czym, przy 30% wilgotności staje się toksyczny.

Drób atakowany jest przez bardzo różne pasożyty zewnętrzne. Ich cykl rozwojowy jest krótki i zależy od warunków środowiskowych w kurniku. Pasożyty nie tylko niepokoją ptaki, ale również same w sobie mogą być nosicielami wielu chorób.  Na wielu ptakach żerują takie pasożyty, jak kleszcze czy ptaszyńce, które żywią się krwią swoich nosicieli, natomiast świerzbowce odżywiają się ptasim naskórkiem, pluskwiaki i pchły są groźne szczególnie dla pisklaków. Pasożyty zewnętrzne drobiu, takie jak roztocze czy owady (wszoły, pchły, pluskwy, komary, meszki, muchówki, muchy oraz pleśniakowce lśniące), przenoszą na ptaki chorobotwórcze bakterie i wirusy oraz zarodniki grzybów.

Produkcja drobiarska zarówno w Polsce, jak i pozostałych krajach Unii Europejskiej prowadzona jest zgodnie z wymogami prawnymi, ich celem jest uzyskanie wysokiej jakości produktów żywnościowych. Zgodnie z Rozporządzeniem (WE) nr 2160/2003 Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 17 listopada 2003 r. w sprawie zwalczania Salmonelli i innych określonych odzwierzęcych czynników chorobotwórczych przenoszonych przez żywność ( Dz. Urz. UE L 325 z 12.12.2003), kraje członkowskie Unii Europejskiej ustanawiają krajowe programy zwalczania.