Niezależnie od sposobu zakiszana, czy na pryzmie, w silosach przejazdowych, czy w rękawach foliowych najważniejsze jest aby kiszonka była wysokiej jakości. Jeżeli jakość kiszonki będzie wysoka, to jej produkcja będzie opłacalna. Podstawowym zadaniem przy zakiszeniu jest tworzenie dobrych warunków do rozwoju bakteriom mlekowym, a nieodpowiednich pozostałym drobnoustrojom.
Do warunków tych zaliczamy: środowisko beztlenowe, odpowiednią ilość cukru i odpowiednią wilgotność zielonki, np. przy nadmiernej wilgotności zielonki silnie rozwijają się bakterie kwasu octowego, a przy dostępie powietrza bakterie gnilne i pleśnie.
O prawidłowym przebiegu fermentacji mlekowej decyduje odpowiednia koncentracja cukrów w zakiszonej masie. Wiele zielonek zawiera zbyt mało cukrów, np. rośliny strączkowe, i wówczas dodaje się do zakiszanego surowca pasze, które zawierają dużo cukrów, np. śruty zbożowe, melasę(1-2%). Duży wpływ na proces zakiszania ma wilgotność surowca, Nadmierna wilgotność zakiszonej masy utrudnia proces kiszenia, powodując duże straty w najcenniejszych składnikach pokarmowych, wypłukiwanych przez wydzielający się sok kiszonkowy (cukry, enzymy, białko).
Koszty produkcji mleka przy kiszonce gorszej jakości są znacznie wyższe. Wówczas w dawce trzeba stosować większe ilości paszy treściwej. Warto więc zanim otworzymy silosy i zaczniemy skarmiać nową paszę, wcześniej przeprowadzić jej ocenę. Oprócz cech organoleptycznych, takich jak kolor, zapach i struktura, konieczna jest jednak także jej analiza chemiczna. Oprócz podstawowych danych zawartych w wynikach analizy kiszonki, takich jak: sucha masa, wartość energetyczna, poziom białka, cukru, włókna i jego poszczególnych frakcji, raport zawiera wiele innych bardzo przydatnych informacji. Bez poznania wartości kiszonek żywienie jest wówczas niedostosowane do wydajności, bo: kiszonka jest zbyt słaba w stosunku do przyjętych parametrów lub na odwrót.
Dobra kiszonka powinna charakteryzować się swoistym, aromatycznym, przyjemnie kwaskowym zapachem. Kolor kiszonki powinien być najbardziej zbliżony do koloru surowca wyjściowego z odcieniem lekko brązowym.
Kiszonka z kukurydzy zawiera w przybliżeniu: 8% białka, 3% tłuszczu, średnio 30% skrobi (20-35% w zależności od udziału kolb w suchej masie), ale zawartość włókna w formie NDF (włókna neutralnego detergentowo) stanowi zazwyczaj 35 do 50%. Wynika z tego,
że największy udział w masie kiszonki ma włókno. Energia zawarta w kiszonce z kukurydzy występuje w trzech formach: w cukrach prostych, skrobi i włóknie surowym. Specyficzne dla poszczególnych rodzajów energii jest diametralnie różna możliwość wykorzystania każdego ze źródeł. Cukry rozpuszczalne w wodzie i skrobia są częścią wnętrza komórek i mają bardzo wysoką strawność, która oscyluje w granicach 92-100%.
Strawny NDF jest parametrem, na podstawie którego możemy oszacować pobranie paszy. Jego wartość jest uzależniona od odmiany rośliny, jej fazy dojrzałości oraz terminu zbioru. Czynnikiem limitującym strawność NDF-u jest poziom ligniny - niestrawnego składnika włókna roślinnego. Natomiast ilość lignin determinowana jest głównie fazą dojrzałości rośliny. Im roślina starsza, tym poziom niestrawnych części jest wyższy. W skład NDF-u wchodzą między innymi frakcje celulozy, hemicelulozy oraz ligniny, z czego najwyższą strawność wykazują hemicelulozy. Ligniny są tą częścią ściany komórkowej nie trawionej przez przeżuwacze.
Kolejnym ważnym elementem składowym w optymalnym opracowaniu dawki pokarmowej u przeżuwaczy jest fermentacyjna materia organiczna będąca pokarmem bakterii żwacza.
W żywieniu bydła składniki białkowe i energetyczne paszy, pod kątem rozkładalności w przewodzie pokarmowym, możemy podzielić na dwie grupy. Pierwsza z nich to białko i komponenty energetyczne rozkładane w pierwszym przedżołądku, czyli żwaczu. Drugą grupę stanowią składniki, które w pewnym stopniu nienaruszone w początkowym odcinku przewodu pokarmowego trafiają do jelita i tam zostają trawione oraz wchłaniane.
O wartości pokarmowej kiszonki z kukurydzy decyduje udział kolb, na co ma wpływ faza wegetacji w momencie zbioru. Udział kolb w zakiszaniu powinien przekraczać 40%. W miarę dojrzewania kukurydzy zwiększa się udział kolb, a zmniejsza pozostałych części roślin. Przyczynia się to do zwiększenia ilości skrobi i koncentracji energii. Powoduje to, że skrobia kukurydzy wolniej rozkłada się w przewodzie pokarmowym niż skrobia innych pasz. Wpływa to na stabilność procesów trawiennych. Kiszonka z kukurydzy jest uboga w białko, stąd konieczne jest jego uzupełnianie. Doskonale do tego nadają się kiszonki z roślin motylkowatych: lucerny, koniczyny. Żywienie krów mlecznych oparte na kiszonce z kukurydzy i roślin motylkowatych umożliwia bardzo dobre zbilansowanie dawek pokarmowych pod względem najważniejszych składników pokarmowych, energii i białka.
Z uwagi na to, że rośliny motylkowate uprawiane w czystym siewie czasami są zawodne w plonowaniu, zaleca się rolnikom by uprawiali je w mieszankach z trawami, wówczas plony są wierniejsze.
Straty składników pokarmowych następują nie tylko podczas fermentacji, czyli robienia kiszonki, ale głównie po otwarciu silosu, kiedy dociera powietrze i kiszonka ma styczność z tlenem. W związku z tym ściana otwartego silosu powinna mieć równą powierzchnię, by w ten sposób ograniczyć utlenianie się kiszonki. Taka kiszonka nawet latem nie będzie się zagrzewać. Jeżeli nie ma frezu, zaleca się zastosowanie specjalnych wybieraków, które wycinają równe kostki. Nie sprawdza się wybieranie ładowaczem chwytakowym, który nie dość, że pozostawia dużą powierzchnię, to jeszcze dodatkowo wzrusza ścianę ułatwiając w ten sposób przedostawanie się w głąb silosu powietrzai niepożądanych organizmów. Powoduje to, zwłaszcza przy kiszonkach o nie najwyższej jakości, zagrzewanie się i powstawanie pleśni.