Rolnik ekologiczny w swojej produkcji musi ściśle stosować się do przepisów rozporządzeń unijnych 834/2007 oraz 889/2008. Zawarte są w nich wszystkie zasady produkcji ekologicznej, których przestrzeganie weryfikowane jest przez inspektora podczas kontroli gospodarstwa. Jest to niezbędny warunek uzyskania certyfikatu. Istnieje jednak możliwość uzyskania zgody na odstępstwa od warunków produkcji ekologicznej.

 Zgody udziela właściwy ze względu na miejsce prowadzenia działalności wojewódzki JHARS lub Główny Inspektor JHARS na wniosek producenta ekologicznego. Potrzebne druki znajdują się na stronie internetowej Inspekcji Jakości Handlowej Artykułów Rolno-Spożywczych. Wydawanie pozwoleń na odstępstwo odbywa się na drodze decyzji administracyjnej. Jedne odstępstwa od produkcji ekologicznej będą wymagały zgody wojewódzkiego inspektora IHARS, a inne zgody Głównego Inspektora JHARS.  Większość odstępstw wymaga zgody wojewódzkiego inspektora, przy czym należy pamiętać, że na takim wniosku o odstępstwo powinna się znajdować opinia jednostki certyfikującej.

Bardzo przydatnym odstępstwem może być możliwość uznania z mocą wsteczną uprzedniego okresu, jako części okresu konwersji. Chodzi tutaj o sytuacje, w których rolnik przed zgłoszeniem się do jednostki certyfikującej nie używał środków niedopuszczonych w produkcji ekologicznej przez okres co najmniej trzech lat.  Przy wnioskowaniu o takie odstępstwo należy pamiętać, aby dołączyć odpowiednie dowody takiego użytkowania np. oświadczenie sołtysa czy urzędnika gminy. W ekologicznej produkcji zwierzęcej obowiązują przepisy dotyczące utworzenia i odnowienia stada zwierząt ekologicznych. W przypadku odnawiania stada liczba samic ssaków podlega rocznym ograniczeniom. Maksymalnie 10 % dorosłych zwierząt koniowatych lub bydła oraz 20 % dorosłych świń, owiec i kóz mogą stanowić samice. Natomiast w przypadku jednostek składających się z mniej niż 10 sztuk koniowatych lub bydła, lub mniej niż pięciu świń, owiec lub kóz odnowienie stada ogranicza się do maksymalnie jednego zwierzęcia w roku. Można jednak wnioskować do wojewódzkiego inspektora JHARS o wydanie zgody na wprowadzenie do gospodarstwa w  celu odnowienia stada większej liczby nieekologicznych  samic,  będących nieródkami. Odsetek ten może być zwiększony do 40 % po uzyskaniu takiej zgody, tylko w przypadkach znacznego powiększania gospodarstwa, zmiany rasy zwierząt, rozwoju nowej specjalizacji lub też, gdy rasy zwierząt są zagrożone wyginięciem (przy czym zwierzęta tej rasy nie muszą być nieródkami). W przypadku produkcji drobiarskiej w przypadku tworzenia stada po raz pierwszy czy też odnawiania bądź odbudowy stada można wnioskować o wydanie zgody na wprowadzenie do gospodarstwa nieekologicznego drobiu. Możliwość ta zakłada wprowadzenie młodych kur w wieku do 18 tygodni przeznaczonych jedynie do produkcji jaj oraz piskląt mających mniej niż 3 dni. Zezwolenie wydawane jest w przypadku braku dostępności na rynku zwierząt ekologicznych.

Zasadniczo nie jest możliwe prowadzenie równoległej produkcji ekologicznej i nieekologicznej tych samych gatunków roślin i zwierząt oraz równoległej produkcji nasion i wegetatywnego materiału rozmnożeniowego. Możliwe jest jednak uzyskanie zgody na prowadzenie równoległej produkcji ekologicznej i nieekologicznej roślin wieloletnich o odmianach trudnych do rozróżnienia, wymagających co najmniej 3-letniego okresu uprawy. Zgodę można również otrzymać w przypadku prowadzenia równoległej produkcji nasion, wegetatywnego materiału rozmnożeniowego i transplantów. Warunkiem uzyskania zgody jest objęcie uprawy nieekologicznej planem konwersji, który przewiduje rozpoczęcie okresu przestawiania w okresie kolejnych pięciu lat.  Poza tym muszą być podjęte środki zapewniające odseparowanie produktów ekologicznych i nieekologicznych. Jednostka certyfikująca powinna być informowana o zbiorach każdego produktu przynajmniej z 48-godzinnym wyprzedzeniem oraz o dokładnej ilości zebranych produktów ekologicznych i konwencjonalnych. Równoległy chów zwierząt tego samego gatunku możliwy jest natomiast w gospodarstwie objętym badaniami rolniczymi lub działaniami edukacyjnymi.  

W przypadku wystąpienia okoliczności katastroficznych można wnioskować  o wydanie zgody na użycie  zwierząt nieekologicznych w celu odnowienia lub odbudowy stada oraz użycie nieekologicznych pasz.  Wiąże się to z wystąpieniem epidemii chorób zakaźnych, wyjątkowymi warunkami meteorologicznymi, skażeniem substancjami toksycznymi czy pożarem. Ponadto istnieją odstępstwa od warunków produkcji ekologicznej, w sprawie których wnioski należy kierować do Głównego Inspektora JHARS.  Wydaje on pozwolenie na przekroczenie w danym roku limitu zastosowania 6 kg/ha  miedzi, zastosowanie składnika pochodzenia rolniczego nieprodukowanego metodami ekologicznymi, nie ujętego w załączniku IX do rozporządzenia 889/2008 oraz zastosowanie syntetycznych witamin A, D i E w karmieniu przeżuwaczy.

Rolnicy powinni mieć świadomość, że istnieją odstępstwa od ścisłych warunków produkcji ekologicznej. Z całą pewnością wiedza o możliwości zastosowania może znacznie ułatwić gospodarowanie w pewnych sytuacjach.

Katarzyna Kozak