Podstawową metodą ochrony roślin w systemie rolnictwa ekologicznego jest szeroko rozumiana profilaktyka. Masowe wystąpienie chorób i szkodników traktuje się jako biologiczny wsażnik zachwiania równowgi ekologicznej w agroekosystemie.
W ochronie roślin należy skoncentrować się na stworzeniu roślinie optymalnych warunków do rozwoju. Łatwo zauważyć, że rośliny silne są rzadziej porażane przez choroby i szkodniki, niż rośliny słabo rosnące.